Ao longo de sua trajetória  ela já atuou  com administração pública, defesa e seguridade social. Na área do direito sanitário e da gestão pública, em especial nas áreas de organização do SUS, competências, legislação, conselhos de saúde, fundos de saúde, contratos e convênios e demais dimensões administrativas e constitucionais que envolvem a implementação do SUS e o direito à saúde do cidadão.

Criou o Instituto de Direito Sanitário Aplicado, IDiSA, uma entidade privada, sem fins lucrativos, que propõe formas de aprimorar o desempenho de instituições de saúde públicas e privadas. Atualmente o IDiSA desenvolve as seguintes atividades: manutenção e atualização do site o qual contém, dentre outros, legislação e jurisprudência sobre direito sanitário; convênio de cooperação, desde 2001, com o Conselho Nacional de Secretários Municipais de Saúde, CONASEMS,  para desenvolvimento de programas conjuntos na área do direito sanitário; e convênio de cooperação, desde 2003, com o Conselho Estadual de Secretários Municipais de Saúde, do Estado de São Paulo, COSEMS-SP,  para desenvolvimento de atividades na área do direito sanitário.

Começou a trabalhar na Universidade Estadual de Campinas em 1983, atuou como procuradora na Procuradoria da Universidade Estadual de Campinas, onde aposentou-se em 2003. Em 2004 foi consultora da Organização das Nações Unidas para a Educação, Ciência e Cultura. Coordenadora de projetos e do Curso de Especialização em Direito Sanitário do Instituto de Direito Sanitário Aplicado – IDISA em parceria com a UNICAMP nas primeiras edições e atualmente em parceira com o Instituto Sírio-Libanês de Ensino e Pesquisa, IEP Sírio Libanês.

No ano de 2015 foi nomeada Secretária da Secretaria de Gestão Estratégica e Participativa, SGEP, do Ministério da Saúde, permaneceu no cargo até 2016. Atualmente é Professora convidada da Universidade Estadual de Campinas, ministra a Disciplina Direito Público Sanitário, no curso de especialização em direito sanitário realizado pela UNICAMP/IDISA. É Presidente da Federação Brasileira das Associações de Síndrome de Down e é vice presidente da Fundação Síndrome de Down, com sede em Campinas, da qual foi idealizadora, atua em seu corpo diretivo desde 1985. É conferencista e palestrante sobre direito público e sanitário, gestão do SUS, aspectos jurídicos da saúde pública e todos aqueles que envolvem o direito à saúde.

Lenir Santos é autora de diversos artigos publicados em revistas especializadas, além de artigos publicados no sítio do Centro Brasileiro de Estudos de Saúde, CEBES, e do Instituto de Direito Sanitário Aplicado, IDiSA. E de vários livros, como Sistema Único de Saúde: Os desafios da gestão interfederativa, Conhecendo seus direitos na saúde pública, sistema de planejamento do SUS, direito sanitário e saúde pública, comentários à Lei Orgânica da Saúde, Judicialização da saúde no Brasil da editora Saberes, trata das consequências do aumento das ações judiciais movidas por pacientes contra o Estado, dentre outros.

Livro: Sistema Único de Saúde: Os Desafios da Gestão Interfederativa, Lenir Santos, 1ª Edição, 2012.

A advogada sanitarista Lenir Santos já contribuiu de forma significativa com a saúde pública brasileira e com o direito à saúde, mas a luta continua. “Ao nosso país: mereceremos o melhor, sempre, e por isso continuamos a luta. Às nossas utopias: sem elas não ousaria tudo que ousei. A transgressão é o cerne da evolução”.