Eduardo Jorge participou da criação do Partido dos Trabalhadores (PT) em 1980, em 1982 elegeu-se a deputado estadual, após a posse tornou-se vice-presidente da Comissão de Saúde, da Assembleia Legislativa de São Paulo. Participou de diversas votações nas assembleias constituintes, dentre ela, foi contra a pena de morte, a favor do rompimento das relações diplomáticas com países com políticas de discriminação racial; mandado de segurança coletivo; legalização do aborto; estabilidade no emprego; jornada semanal de 40horas; voto aos 16 anos; proibição do comércio de sangue; criação de um fundo de apoio à reforma agrária. entre outras pautas parlamentares.

Em 1989 se afastou de seu mandato federal para assumir a Secretária Municipal de Saúde da capital paulista, no governo de Luiza Erundina e durante a gestão da Marta Suplicy (PT). No fim de 1990 reelegeu-se deputado federal, durante o mandato assumiu a liderança do PT na Câmara. Em 1991, propôs o projeto do uso de medicamentos genéricos, o projeto buscava remover as marcas comerciais dos remédios para que houvesse redução de impostos.  Em 1992 fez uma de suas propostas mais importantes,  a criação do Sistema Único de Saúde- SUS e a descentralização da seguridade social, apresentadas em 1992. No mesmo ano votou a favor do processo de impeachment do presidente Fernando Collor de Melo.

No ano de 1993, Eduardo Jorge apresentou a Câmara um projeto de reforma da Previdência que buscava unificar os diversos regimes de previdência social, que tinha como objetivo estabelecer regras de aposentadoria para trabalhadores de iniciativas privadas e do serviço público. A reforma prévia a unificação das regras de aposentadoria por idade de homens e mulheres. Porém, o projeto de reforma não foi bem recebido pelo Partido dos Trabalhadores o que ocasionou a pressão para tirar o deputado do cargo. Antes de sair o candidato apresentou um projeto de emenda constitucional que previa a destinação de 30% das contribuições sociais para a saúde. Ainda em 1993, Eduardo Jorge apresentou a Lei Orgânica da Assistência Social, que previa a criação de conselhos municipais que descentralizaria a gestão e traria benefícios para alguns grupos como idosos e deficiente carentes.

Em 1995, foi aprovado pela Comissão de Seguridade Social da Câmara o projeto com a deputada de Minas Gerais Sandra Starling (PT), o projeto autorizava os hospitais integrados ao SUS a realizarem abortos de vitimas de estupro ou gravidez que coloca a vida da mulher em risco com amparo do Código Penal. Em 1997 o projeto foi aprovado com 24 votos pela Comissão de Constituição e Justiça (CCJ). Em seguida conseguiu aprovação no projeto voltado ao planejamento familiar, onde permitia que homens e mulheres com mais de 25 anos com ao menos dois filhos recorressem à esterilização no SUS, porém o mesmo foi vetado pelo presidente Fernando Henrique Cardoso.

Em 1996, Eduardo Jorge teve um posicionamento contrario a deliberação nacional do PT, foi o único deputado que votou a favor da criação da Contribuição Provisória sobre Movimentação Financeira (CPMF), imposto de 0.2% sobre as transações bancárias que foi criado como fonte complementar de recursos para a saúde substituindo o Imposto Provisório sobre Movimentação Financeira (IPMF). O ano também foi marcado pela proposta de mais três projetos de lei: isenção de cobranças de serviços bancários de clientes que tinham renda de até cinco salários mínimos; proibição do porte de arma no país, autorizando o uso apensa de militares, policiais e agentes de segurança e rodízio obrigatório de carros em todas as regiões metropolitanas do país. No ano seguinte votou contra a emenda de reeleição para presidente da República, governadores e prefeitos.

Com o novo presidente eleito em 2002, Luis Inácio Lula da Silva, Eduardo Jorge teve uma postura mais crítica diante do PT, sem demonstrar divergências com o novo presidente e partido, o que resultou a criação do Partido Socialismo e Liberdade (PSOL) e a saída de Eduardo Jorge que ingressou no Partido Verde (PV) no final de 2003. Em 2005, assumiu a Secretária do Verde e do Meio Ambiente do município de São Paulo, na gestão de José Serra (PSDB-SP) e na gestão de Gilberto Kassab (DEM-SP), durante sua gestão na secretária buscou ampliar a participação do povo nas políticas por meio de conselhos regionais e ações integradas com outras secretarias, como parceria com o a secretaria de transportes que buscava apoio ao uso de bicicletas e ônibus menos poluentes.

No ano 2012, foi cotado como possível candidato à sucessão do prefeito Gilberto Kassab, o PV cogitou indicar seu nome para o cargo de vice na chapa encabeçada por José Serra, porém não concorreu a nenhum cargo, permanecendo na secretária onde ficou até o fim do mandato de Kassab em 2012. Ao fim voltou a exercer suas funções de médico sanitarista concursado e atuação no PV. No fim de 2013, Eduardo Jorge foi convidado pelo PV para lançar sua própria candidatura a presidente nas eleições de 2014. Ao lanças seu nome a candidatura, propôs a elaboração de dez diretrizes fundamentais ao país que foram apresentadas na convenção nacional do partido, onde foi aprovado a sua candidatura tendo como sua vice a vice-prefeita de Salvador, Célia Sacramento.

Eduardo Jorge concorreu em 2014 sua primeira eleição presidenciável, lutando pelo cargo ao lado de Dilma Rousseff (PT), Aécio Neves (PSDB), Marina Silva (PSB) que entrou no pleito após o falecimento do candidato Eduardo Campos, Pastor Everaldo (PSC), Luciana Genro (PSOL) Levy Fidelix (PRTB), Eymael (PSDC) e Zé Maria (PSTU). Em seu plano de governo, o candidato tinha como principais diretrizes o desenvolvimento sustentável, valorização do papel desempenhado pelos municípios, redução da jornada de trabalho, redução do número de ministérios, manutenção do pilar macroeconômico. Durante a campanha apresentou temas considerados tabus, como. defesa da descriminalização do aborto, legalização da maconha entre outros que foram repercutidos durante os debates dos presidenciáveis.  O candidato ficou em sexto lugar, obteve 630 mil votos, que correspondiam a 0,6% do total válido. No segundo turno a disputa ficou cm Dilma Rousseff e Aécio Neves, o PV expôs condições programáticas que apoiavam o candidato Aécio Neves que foi derrotado nas urnas com 54 milhões de votos.

Nas eleições de 2018 Eduardo Jorge saiu como candidato a vice-presidente, compondo a chapa com a candidata Marina Silva. A candidata Marina Silva registrou em 2015 no Tribunal Superior Eleitoral (TSE) a Rede Sustentabilidade, na qual tornou-se porta- voz do partido REDE. O Partido Verde fez coligação com o REDE para disputar a presidência do Brasil em 2018. A chapa do candidato Eduardo Jorge ficou em oitavo lugar com um quantitativo de 1.069.577 de votos, apresentando 1% dos votos (TSE).